در شرایط حاضر نقش محوري دانشگاهها در توليد علم و توسعه كشور انكار ناپذير بوده، در چشم انداز بيست ساله نیز انتظارات بسيار گسترده اي از دانشگاهها وجود دارد. دانشگاهها مكلف هستند همسو با گسترش روز افزون علوم و فنون و تكنولوژي هاي جديد و پيشرفته در جهان و با توجه به نیاز کشور، نيروي انساني متدين و متبحر، با نشاط وفعال، بالنده و متفكر با توجه به نياز كشور تربيت كنند، علاوه بر آن به تولید علم و بویژه علم بومی همت گمارند. بنابراين اداره امور دانشگاهها بعنوان مغز متفكر جامعه بايد قوانین و مقرراتی با ويژگيهاي متفاوت از ساير دستگاهها داشته باشد.

قانون تشكيل هيأت امناء به همین منظور در شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسیده و تا حد زیادی اختیارات ویژه ای به دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی داده است. اما بدليل نهادينه نشدن اين تفكر در ساير دستگاهها مشكلاتي را جهت استفاده مطلوب از قانون مذکورفراهم آورده است.تصويب ماده ۴۹ قانون برنامه پنجساله چهارم توسعه و ماده ۲۰ قانون برنامه پنجساله پنجم توسعه راه را براي اداره امور دانشگاه با ويژگيهاي فوق هموار نموده است لیکن مي بايست تلاش گسترده اي جهت عملياتي شدن اين ماده قانوني با حفظ رعايت سياستها و قوانين وزارت متبوع صورت پذيرد.از تأسيس اولين مؤسسه آموزش عالي در ايران حدود ۱۰۷ سال و از تشکیل اولين هيأت امناء حدود ۴۲ سال مي گذرد. در زیر به تاریخچه هیأت امناء در قبل و بعد از انقلاب اسلامی پرداخته می شود.

هيئت‌امناء قبل از انقلاب اسلامی:

 از سال ۱۳۴۰ یعنی قبل از تأسيس وزارت علوم و آموزش عالي زمزمه‌هاي هيئت‌هاي امناء دانشگا‌هها و مؤسسات آموزش عالي به صورتها و تركيبهاي متفاوت و پراكنده به گوش مي‌رسيد. از جمله درسال ۱۳۳۹ در اساسنامه دانشگاه ملي سابق (شهيد دكتر بهشتي) هيئت‌امناء بعنوان ركن اصلي دانشگاه به تصويب رسيد. اما دانشگاه شيراز براساس قانون تأسيس دانشگاه مصوب سال ۱۳۴۲ (هـ.ش) جزء اولين دانشگاههایي بود كه داراي هيئت‌امناء گرديد. سپس دانشگاه صنعتي شريف در سال ۱۳۴۴ هيئت‌امناء خود را تشكيل داد. سرانجام در سال ۱۳۴۶ دانشگاه تهران نيز داراي هيئت‌امناء گرديد. در اسفند ماه ۱۳۵۰ قانون هيئت‌‌هاي امناء مؤسسات عالي علمي و دولتي از تصويب مجلسين وقت گذشت، که پايه و اساس آن، قانون تشكيل و اختيارات هيئت‌امناء دانشگاه تهران بود. طبق آن، هيئت‌‌هاي امناء دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي و پژوهشی دولتي بارعايت قانون تأسيس وزارت علوم وآموزش عالی به صورت يكنواخت و هماهنگ تشكیل مي گرديد.اعضاي هيئت‌امناء مرکب ازوزير علوم و آموزش عالي يا نماينده تام‌الاختيار وي، ۸ نفر از شخصيت‌هاي محلي و كشوري كه بتواند نقش مؤثري در توسعه مؤسسه مربوط داشته باشند، بودند. ضمناً در مؤسسات آموزش عالي خارج از پايتخت استاندار مربوط نيز عضويت داشت. در مؤسسات علمي وابسته به وزارتخانه‌ها و سازمان‌هاي ديگر وزير يا مسئول مربوط علاوه بر وزير علوم به اقتضاء سمت خود رياست و يا عضويت هيئت‌امناء را داشتند. رؤساي مؤسسات عالي علمي بدون حق رأي در جلسات شركت داشتند. وزارت علوم و آموزش عالي مي‌توانست مقررات اين قانون را در صورت اقتضاء در هريك از مؤسسات عالي پژوهشی دولتي ديگر و يا مؤسسات عالي علمي ديگري كه به نحوي از انحاء از كمك دولت استفاده مي‌نمودند به اجرا بگذارد. براساس اصلاحية قانون هيئت‌امناء مصوب سال ۱۳۵۰ كه در مرداد ماه ۱۳۵۳ به تصويب رسيد ، وزارت علوم و آموزش عالي مكلف گرديد. براي هريك از دانشگاههاي دولتي و غيردولتي و مؤسسات آموزش عالي و پژوهشي دولتي هيئت‌امنايي با تركيب وزير علوم و آموزش عالي يانماينده تام‌الاختيار او ، وزير مشاور و رئيس سازمان برنامه و بودجه يا نماينده تام‌الاختيار او ، دبير شوراي مركزي دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي، چهار تن از شخصيتهاي بصير و مطلع كه نقش مؤثري درتوسعه مؤسسه مربوطه داشته باشند، تشكيل دهد. در دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي خارج از پايتخت استاندار و رئيس انجمن شهر مربوط نيز عضو هيئت‌امناء بودند.در مؤسسات آموزش عالي و پژوهشي وابسته به ساير وزارتخانه‌‌ها ومؤسسات دولتي وزير يا مسئول دولتي نيز به اقتضاي سمت خود رياست يا عضويت هيئت را داشتند. رؤساي دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي و پژوهشي بدون حق‌ رأي در جلسات شركت داشتند.هيئت‌هاي امناء دانشگاهها بتدريج با تركيب شرح وظيفه فوق ايجاد و شروع بكار نمودند.

هيئت‌امناء بعد از انقلاب اسلامی:

پس از پيروزي شكوهمند انقلاب اسلامي در كشور در اسفند سال ۵۷ تمامي هيئت‌‌هاي امناء دانشگاهها به استناد لایحه قانونی مربوطه منحل گرديد. ليكن براي جلوگيري از ركود ادارة امور دانشگاهها و مؤسسات تحقيقاتي هيأتي مركب از وزير علوم و آموزش عالي، وزير مشاور ورئيس سازمان برنامه و بودجه و وزير طرحهاي انقلاب تشكيل و تصميم‌گيري در كليه موارد فوق را بعهده گرفت . آن هيئت بعدها به هيئت سه‌نفره جانشين هيئت‌امناء معروف گشت که متشکل از وزير علوم و آموزش عالي و رئيس سازمان برنامه و بودجه يا نمايندگان تام‌الاختيار آنان و آقاي دكتر يدالله سحابي (عضويت با نام) بود.هيئت‌ سه‌نفره فوق‌الذكر از اسفند سال۵۷تا پايان سال۶۹طي سي‌ونه جلسه تلاش نمود تا درباره مسائل و مشكلات مالي، اداري، استخدامي وسازماني دانشگاهها در چهارچوب قوانين و مقررات مربوطه تصميم‌گيريهاي لازم را بعمل آورند.هيئت سه‌نفره مزبور فعاليتهاي خود را از طريق كميته‌هاي كارشناسي اداري، مالي و بررسي و تجديد‌نظر و تدوين قوانين، آيين‌نامه استخدامي پيگيري و سازماندهي می کرد.با گسترش كمي آموزش عالي و تأسيس دانشگاهها و دانشكده‌هاي مختلف در اقصي نقاط كشور و همچنين افزايش شمار دانشجويان و توجه به پژوهش درسطوح بنيادي و كاربردي و توسعه‌اي و افزايش نيازها و خواسته‌‌ها و ساير عوامل موجب گرديد انديشه احياء و شكل‌گيري مجدد هيئت‌امناء دانشگاهها با هدف اعطاي استقلال بيشتر در سیاستگزاري و تصميم‌گيري بروز نمايد. مسئولان عالي رتبـة وزارت فرهنگ و آموزش عالي برآن شدند تا قانون تشکیل هیئت های امناء دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی را تنظیم نمایند و نهایتاً در جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ۹ و ۲۳/۱۲/۱۳۶۷ شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید و مقرر گردید مواد ۸، ۹ و ۱۰ آن طی لایحه ای جهت تصویب به مجلس شورای اسلامی تقدیم گردد.لازم به ذکر است تا پایان سال ۱۳۶۹ به رغم تصویب قانون تشکیل هیئت های امناء مذکور در سال ۱۳۶۷ به موجب ماده ۱۱ آن کماکان هیئت سه نفره جانشین هیئت امناء به فعالیت خود ادامه داد. در بهمن ماه سال ۱۳۶۹ قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاهها وموسسات آموزش عالی و تحقیقاتی به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید که در تاریخ ۲۶/۱۰/۱۳۶۹ شورای نگهبان آنرا تأييد نمود. متعاقب آن دانشگاههای وابسته به وزارت علوم ، تحقیقات و فنآوری و بهداشت، درمان وآموزش پزشکی به ایجاد هیئت های امناء در دانشگاهها و موسسات علمی و تحقیقاتی وابسته همت گماشتند.در حال حاضر در دانشگاهها و موسسات آموزشی و پژوهشی وابسته به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی ۵۱ هیئت امناء شکل گرفته است . ضمناً برای دانشکده های جدید که در سال ۱۳۹۲ و بعد از آن بودجه مستقل خواهند داشت نیز هیأت امناء استقرار خواهد یافت.خاطرنشان می سازد که دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله، دانشگاه شاهد، دانشگاه آزاد اسلامی، دانشگاه علوم پزشکی ارتش، دانشگاه امام حسین (ع)، انستیتو پاستور ایران، موسسه عالی آموزشی و پژوهشی طب انتقال خون ایران و موسسه سرم و واکسن سازی رازی نیز دارای هیئت امناء می باشند.نکته دارای حائز اهمیت آنکه با تصویب ماده ۴۹ قانون برنامه پنجساله چهارم توسعه کشور از ابتدای سال ۱۳۸۴ دانشگاهها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی دولتی صرفاً براساس آیین نامه‌ها ومقررات اداری، مالی، استخــدامی و تشکیلات خاص، مصوبات هیئت های امناء مربوطه که به تایید وزرای علوم ، تحقیقات و فنآوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی حسب مورد می رسد بدون الزام به رعایت قانون محاسبات عمومی، قانون استخدام کشوری و سایر قوانین و مقررات عمومی اداری، مالی و استخدامی اداره شده که با تاکید این مهم در قانون برنامه پنجساله پنجم توسعه "بند ب ماده ۲۰" نقش هیات های امناء و استقلال دانشگاه ها پر رنگ تر گردیده است . ضمن آنکه اعتبارات این مؤسسات کمک تلقی شده و پس از پرداخت به هزینه قطعی منظـور می گردد.این مواد قانونی برنامه ها که مصوب مجلس محترم شورای اسلامی می باشد می تواند بعنوان نقطه عطفی جهت افزایش کارایی هیئتهای امناء و استقلال دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی تلقی شود. مشــروط بــرآنکه ساختار لازم جهت تحقق این ظرفیت قانونی در دانشگاهها و ستاد وزارتخانه های مرتبط ایجاد گردد. در همین راستا نیز در سال ۱۳۹۰ کلیه دانشگاهها و مؤسسات در ساختار خود واحدی ستادی در حوزه ریاست مؤسسه بنام دبیرخانه هیات امناء با تصویب هیات امنای خود و تایید وابلاغ وزارت بوجود آوردند تا به عنوان بازوی ارتباطی بین اعضای اصلی، مسئولین دانشگاه و وزارت متبوع بوده و هماهنگی های لازم را برای پویایی هیات امناء و اجرایی شدن مصوبات بوجود آورند .